多くのMurmurHashの実装がバイトオーダーを考慮していない
(注)dataの型はunsigned char*です。
全部見た訳じゃないですが、https://code.google.com/p/smhasher/をはじめとするMurmurHashの実装は、x86/x86_64等、リトルエンディアン環境を前提とした実装となっており*1、SPARCやPowerPCといったビッグエンディアン環境では同じキーのハッシュ値が違うものになってしまいます。
よって、バイトオーダーの異なる環境間でのやり取りにMurmurHashを使用すると問題が発生する可能性があります。必要であれば、ビッグエンディアン環境ではバイトオーダーを並べ替えるパッチをあてる等の対策を取りましょう。